Sau bao năm trời vật lộn với bệnh tình và sức khoẻ, Đức Giáo Hoàng John Paul II đã từ trần vào 21:39 giờ địa phương, Thứ Bảy 2/4/2005, hưởng thọ 84 tuổi.
Vào những ngày cuối của cuộc đời, tuy không nói thành lời vì bị mổ cuống họng, Đức Giáo Hoàng John Paul II muốn dùng hết sức lực có được để nói chuyện và an ủi những tín hữu đã đến vấn an và cầu nguyện cho Ngài. Những cử chỉ này phần nào cho thấy sự quyết tâm chiến đấu đến hơi thở cuối cùng của Ngài cho tình thương và niềm tin vô bờ bến của Đức Giáo Hoàng.
Cuộc đời của Đức Giáo Hoàng John Paul II, từ lúc nhiệm chức giáo hoàng cho đến lúc lìa đời, đã là những chuỗi biến cố lịch sử gắn liền với sứ mệnh của công lý và hoà bình cho nhân loại trong thế kỷ 20.
Lịch sử, vì Karol Josef Wojtyla, tức Đức Giáo Hoàng John Paul II, là vị giáo hoàng trẻ tuổi nhất (58 tuổi vào năm 1978) của thế kỷ 20, là vị giáo hoàng đầu tiên thuộc gốc Ba Lan, là vị hồng y ngoại quốc đầu tiên không phải là người Ý được bầu lên ngôi giáo hoàng sau hơn 450 năm.
Lịch sử, vì Đức Giáo Hoàng John Paul II sinh ra và lớn lên trong bối cảnh của chiến tranh thế giới thứ nhất vừa chấm dứt, chiến tranh thế giới thứ hai đang nhen nhúm hình thành. Là người Ba Lan, một quốc gia trực tiếp chịu ảnh hưởng nặng nề bởi những tội ác của phát xít và cộng sản trong thế chiến thứ hai và trong thời chiến tranh lạnh, Ngài thấu hiểu hai chữ tự do và những giá trị của dân chủ, nhân quyền. Là người nhạy bén chính trị, Ngài không chọn con đường chính trị để giải phóng con người ra khoải gông cùm mà chọn con đường tôn giáo. Ước muốn của Ngài không chỉ là tự do cho người dân Ba Lan mà còn là công lý và hoà bình của nhân loại. Và đối với Ngài, chìa khoá của giá trị văn minh và nhân bản cho nhân loại là niềm tin vào sự thật, công bằng và lẽ phải.
Lịch sử, vì Đức Giáo Hoàng John Paul II là biểu tượng của sự hoà giải mà chưa có người nào trước Ngài đã làm được như vậy. Ngài đã nỗ lực hàn gắn những ngăn cách, hiềm khích hay hiểu lầm với các tôn giáo khác, nhất là Do Thái Giáo và Hồi Giáo. Ngài đã sẵn sàng lắng nghe và trao đổi với mọi tôn giáo bạn cũng như các lãnh đạo quốc gia thuộc mọi khuynh hướng trên thế giới. Ngài đã không ngần ngại chính thức xin lỗi về những lỗi lầm trước đây của Giáo Hội Công Giáo.
Lịch sử, vì Đức Giáo Hoàng John Paul II là vị giáo hoàng công du nhiều nhất từ trước đến nay, ngay cả lúc Ngài không được khoẻ, ngay cả khi tính mạng của Ngài có thể bị đe doạ bởi thành phần quá khích (từng bị ám sát suýt chết năm 1981). Ngài muốn được gần gũi với tín hữu ở mọi quốc gia, từ nước nghèo khó cho đến những quốc gia tân tiến.
Lịch sử, vì đứng trước thử thách của trào lưu thế giới trong việc tự do phá thai, tự do ngừa thai, nhu cầu tấn phong linh mục cho phụ nữ và đàn ông đã có vợ …, Đức Giáo Hoàng John Paul II đã không chùn bước. Đúng sai thì còn tuỳ thuộc ở quan điểm của mỗi người, và hãy để lịch sử phán xét. Nhưng Ngài dứt khoát bảo vệ những thang giá trị và tín lý Công Giáo. Ngài luôn đề cao giá trị con người, nhân quyền và nhân phẩm, nhất là của trẻ em. Lịch sử, vì riêng đối với Việt Nam, Đức Giáo Hoàng John Paul II là người chủ tọa buổi lễ phong thánh cho 117 Thánh Tử Đạo Việt Nam, và bổ nhiệm Đức Tổng Giám Mục Nguyễn Văn Thuận làm Hồng Y (Công Lý và Hoà Bình) phục vụ bên cạnh Ngài tại Tòa Thánh La Mã. Ngài đã nhiều lần nhắc đến Việt Nam trong những bài giảng của mình.
Lịch sử, vì trên hết, Đức Giáo Hoàng John Paul II đã nhiều lần mạnh mẽ kêu gọi tín hữu Ky Tô Giáo hãy giữ vững niềm tin, đừng sợ hãi, phải sống đúng đức tin của mình, phải biết thương yêu nhân loại. Tên tuổi của Ngài đã đi vào lịch sử vì sự lên tiếng bênh vực công lý và hoà bình của Ngài đã góp phần rất lớn đưa đến sự sụp đổ của chính quyền cộng sản tại Ba Lan và Đông Âu, kéo theo sự sụp đổ của chủ nghĩa cộng sản trên toàn thế giới. Lúc còn sống, Josef Stalin coi thường Vatican bằng câu nói: “Đức Giáo Hoàng có bao nhiêu sư đoàn?”. Tổng Bí Thư Mikhail Gorbachev, người thừa nhiệm sau này, khẳng định rằng gần như không có chuyện gì xảy ra ở Đông Âu giữa năm 1979 đến khi cộng sản sụp đổ năm 1991 có thể hiểu được nếu không liên hệ đến những tấm gương của vị giáo hoàng người Ba Lan. Giờ đây, sự nghiệp của Ngài là câu trả lời trực tiếp cho Josef Stalin, tuy hơi trễ. Ngày hôm nay, Giáo Hội Công Giáo đang đối diện với nhiều thử thách của một thế giới đã thay đổi nhiều so với 26 năm về trước. Sự đe doạ của khủng bố, sự chà đạp nhân phẩm, sự coi thường luân lý vẫn còn hiện hữu ở một số quốc gia như ở Trung Đông, Phi Châu và Á Châu. Sự sợ hãi không những không giảm mà còn gia tăng ở nhiều nơi trên thế giới, mặc dầu Đức Giáo Hoàng John Paul II đã nhiều lần củng cố niềm tin của tín hữu bằng câu nói: “Đừng sợ hãi nữa!” (Do Not Be Afraid)
Nói cho cùng, khi Đức Chúa Giê Su bị đóng đinh, di sản của Ngài để lại cho nhân loại là tình thương bao la và lòng dũng cảm bất diệt. Cuộc đời của Đức Giáo Hoàng John Paul II cho thấy sự tiếp nối của truyền thống này. Và nếu con người học hỏi được gì từ cuộc đời hay bài giảng của Chuá Giê Su hay Đức Giáo Hoàng John Paul II, thì chắc chắn sẽ tìm được sự giải thoát cho chính mình và những người chung quanh.