Trong cuộc hội thảo về chủ đề “Quốc hội Việt Nam 60 năm hình thành và phát triển” vào ngày 8 tháng 1 năm 2006, ông Phan Văn Khải đã nói rằng “Quốc hội chúng ta đang đối diện với ba thách thức. Thứ nhất là khả năng đại diện cho dân của các đại biểu, tiếp đó là vấn đề chòng chéo của các mối liên hệ đại diện trong Quốc hội và cuối cùng là tính chuyên nghiệp”. Quốc hội CSVN trên nguyên tắc cũng có ba chức năng: 1/Lập pháp (làm luật); 2/Quyết định các vấn đề quan trọng của đất nước; 3/Giám sát. Thông thường, đã là một cơ quan do nhân dân bầu lên thì chức năng đầu tiên phải là chức năng Đại diện. Đây là chức năng quan trọng nhất mà các đại biểu phải thể hiện. Nếu không thể hiện được chức năng này thì các chức năng khác như lập pháp, quyết định và giám sát cũng sẽ vận hành sai lạc vì không phản ảnh được ý chí, lợi ích của người dân. Để thực hiện tốt chức năng đại diện đòi hỏi các vị đại biểu phải có động lực để đại diện và có trình độ, có năng lực để đại diện. Nhưng theo báo điện tử VN-Express (8/1/2006) thì động lực, trình độ và năng lực để đại diện của các đại biểu đang có vấn đề.
Các đại biểu trong Quốc hội chỉ đại diện cho đảng CSVN mà thôi, chứ không đại diện cho người dân Việt Nam. Hơn 90% đại biểu Quốc hội hiện nay là đảng viên đảng cộng sản, số còn lại là cảm tình viên. Đã là đảng viên đảng cộng sản thì họ coi quyền lợi của đảng (hiện nay là quyền lợi cá nhân) lên trên quyền lợi quốc gia và dân tộc. Một trong những bằng chứng điển hình là chẳng có một đảng viên đảng cộng sản nào dám lên tiếng về việc Trung quốc dành đất lấn biển của Việt Nam. Hơn nữa tổng số đảng viên đảng cộng sản Việt Nam chỉ khoảng 5% tổng số cử tri trên toàn cả nước. Về chức năng giám sát của Quốc hội, chỉ nằm trong tay một số đại biểu có kiêm nhiệm chức vụ hành chánh. (Ông hay Bà quét rác được đảng cử ra làm đại biểu Quốc hội không có cái quyền giám sát này). Với tư cách là các quan chức hành chánh, những vị đại biểu này đương nhiên là cấp dưới của Thủ tướng, Phó thủ tướng và các Bộ trưởng. Đã là cấp dưới thì làm sao giám sát được cấp trên. Lợi ích của các vị đại biểu này xung đột với việc triển khai có hiệu quả chức năng giám sát. Giám sát tốt thì sẽ có hại cho mình hơn là không giám sát. Phê bình Thủ tướng, Bộ trưởng thì khó lòng mà thăng quan tiến chức được nếu không muốn nói là sớm bị cho về vườn.
Về sự chồng chéo của các mối quan hệ đại biểu trong Quốc hội CSVN cũng rất là phức tạp đến độ quái gở. Nhiều đại biểu đã không biết mình đang đứng ở đâu. Quốc hội CSVN chia ra các đoàn đại biểu theo đơn vị tỉnh thành. Việc chia thành các đoàn đại biểu và việc mỗi tỉnh còn có một đại biểu chuyên trách khiến cho Quốc hội trở thành một cơ quan đại diện song trùng, vừa đại diện cho cử tri toàn cả nước vừa đại diện cho các đơn vị hành chánh tỉnh. Vì thế khi có xung đột lợi ích giữa trung ương và địa phương thường giành phần thắng ở Quốc hội. Hoặc khi đại biểu chuyên trách của tỉnh muốn chất vấn các bộ trưởng thì tỉnh sẽ không cho phép đại biểu của mình làm hỏng mối quan hệ tốt đẹp của tỉnh với các bộ trưởng vì các dự án của tỉnh có thể bị ảnh hưởng.
Về khả năng chuyên nghiệp của Quốc hội CSVN cũng là một con số không to tướng. Phần đông đại biểu Quốc hội hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm hay chế độ nghiệp dư. Hoạt động kiêm nhiệm và nghiệp dư thì rất khó thạo việc chứ nói gì đến tính chuyên nghiệp. Tính chuyên nghiệp còn thể hiện ở cách thức tổ chức và điều hành công việc. Quốc hội là cơ quan hoạt động theo chế độ hội nghị và quyết định theo đa số chứ không phải làm theo lệnh của đảng đưa ra. Nhà nước CSVN cũng chia hệ thống cai trị ra thành ba ngành Hành pháp, Lập pháp và Tư pháp. Nhưng chia để gọi là có chia hầu tránh sự lên án của thế giới, chứ người dân biết rằng tất cả ba ngành đó đều là một, thống hợp dưới sự điều hành của đảng CSVN. Khi mà thành phần lãnh đạo đảng không muốn mọi hoạt động trong xã hội theo hướng dân chủ để dễ bề thao túng thì làm sao Quốc hội CSVN có thể vượt qua ba thách thức như vừa nói trên được.